保护站由来自深圳和北京的专业志愿者设计，采用藏式建筑元素，使用新型环保节能材料，在新能源使用和污水处理上也力求能做出示范。
保护站占地约2000平方米，主体建筑的建筑面积340㎡，包括多功能展示厅、图书室、会议室、餐厅、厨房、卫生间、医务室、宿舍等。
保护站占地2000平方米，除了主体建筑340㎡外，附属建筑包括设备间30㎡，卫生旱厕10㎡，垃圾处理房12㎡等；长江1号主题邮局80㎡；主要设施深水井（生活用水）、三级化粪池，400米给排水管道、管道电加热设备、自来水净化设备、污水处理设备、高清监控设备、 40KW太阳能发电系统、长江龙雕塑、30米公益墙等。
长江源水生态环境保护站已具备了科研、保护、宣传、培训、示范的基本功能。
